ב-2 ליולי בשנת 1950 ייסד שקמוני גאורג הרץ ז"ל את בית שפינוזה (Spinozaeum) בכרמל בחיפה.

ה-Spinozaeum היה מפעל חייו של שקמוני שאהד מאוד את שפינוזה וניסה בכל דרך להסיר את החרם מעליו ולהביא להכרה בגדולתו כיהודי. ספריית בית שפינוזה (הכוללת כ-400 ספרים) נתרמה בזמנו לספריה שלנו, כעת נמצאים באוסף הארכיונים שלנו חומרים ארכיונים שונים של בית שפינוזה שהגיעו אלינו בשני מכלים בהם: חלופות מכתבים, קטעי עיתונות, מסמכים שונים, תמונות, גלויות ועוד. תהליך קטלוג התיקים של ארכיון שפינוזה (43) הסתיים, כן גם סריקתם. התמונות מארכיון שפינוזה קוטלגו ונסרקו גם כן. לאוסף הדיגיטלי

הספרייה מקדישה את אוסף הרץ שקמוני – "ארכיון בית שפינוזה" בחדר הנדירים, לזכרו של רס"ן אסף דגן, נינו של הרץ שקמוני.