אוסף הספרים הנדירים ואוספים מיוחדים בספרייה כוללים ספרים מימי הדפוס הראשונים ועד תקופתנו אנו ומכסים תחום נושאים רחב. בין פרטי האוסף ניתן למצוא: ספרים בתחום היודאיקה, ספרו של שפינוזה "מאמר תיאולוגי -מדיני" מלווה בהערות בכתב ידו, שלוש אינקונבלות, אנציקלופדיה דידרו, אוסף גדול של שנתוני "סלנאמה" מתקופת האימפריה העותמנית בשפה התורכית-עותמנית ודפים בודדים מ"הגניזה" מטרת האוסף לאפשר גישה לאותם מקורות ע"י שימורם במקום מאובטח ובסביבה בטוחה, ולעזור לחוקרים לאתר ולהשתמש בחומר מחקרי נדיר ויקר ערך זה. מידע נוסף אודות הפריטים באוסף ניתן למצוא במערכת "חיפוש אחד" מפעל הדיגיטציה של הספרים הנדירים מאפשר לספרייה להפוך את אוספיה הנדירים לזמינים יותר לחוקרים, ללומדים ולקהל הרחב ולאפשר להם גישה ישירה ומידית לחומרים המיוחדים מכל מקום ומכל עת. ישומו מצמצם את השימוש במקורות המיוחדים והרגישים בדפוס וכך ישתמרו כעדות למורשת האנושית לדורות הבאים. ראשיתו של מפעל הדיגיטציה של הספרים הנדירים בספרייה התאפשר הודות לתרומת פרופ' עמיהוד גלעד ורשות המחקר באוניברסיטה. סייעה רבות למפעל הדיגיטציה של הספרים תרומת משפחת שפיץ שניתנה לזכר רבקה שפיץ 1947-1994 ספרנית אוהבת ספר, ידידה. ברצוננו להודות לספרייה הלאומית אשר בהכירה את חשיבות הנושא תרמה מנסיונה בביצוע תהליך חשוב זה. לאוסף הדיגיטלי בספרייה מצויים 23 קטעים מגניזת קהיר ומספרם הכולל של הדפים בקטעים אלו הוא 53. הקטעים נסרקו בשנת 2007 במסגרת פרויקט "גנזים" לחקר הגניזה. הם מקוטלגים בקטלוג הספרייה ונגישים בטקסט מלא. לספריית אוניברסיטת חיפה הגיעו קטעי הגניזה מספריית פבזנר בחיפה. בספרית פבזנר היה מאוחסן במשך שנים רבות אוסף של כתבי יד וביניהם קטעי גניזה – עוד מימי ספרית "האגודה להשתלמות במדע" – שנוסדה בתל אביב והיוותה את השורשים של ספריית פבזנר. אוסף זה נתרם על ידי מר בנימין עברי שעלה מאיטליה לישראל בשנות ה-20. על המשתמש להציג תעודת זהות או כל תעודה מזהה אחרת ולמסרה לספרן כל זמן שהותו בחדר הספרים הנדירים. על המשתמש, בהיכנסו לאיזור הקריאה בחדר הספרים הנדירים, להרשם ולמלא את פרטיו על טופס מיוחד. חפצים אישיים יש לאחסן בארון מדפים אשר בכניסה לחדר הספרים הנדירים. פריטים מאוסף הספרים הנדירים אינם ניתנים להשאלה, והשימוש בהם הוא רק בחדר. יש להשתמש רק בעפרונות. לעולם אין לסמן עמודים או לכתוב על נייר המונח על הספר הנדיר. על החוקר/סטודנט להשתמש בחומר בזהירות מירבית. רוב החומר הוא ישן ומיוחד וניזוק בקלות. צילום מתוך ספר נדיר מתאפשר בתנאים הבאים: ספרן הנדירים מבצע את הצילום על חשבון המשתמש לא ניתן לצלם יותר מ- 10 דפים בפעם אחת. (חום מכונת הצילום יוצר ריאקציה כימית המזיקה לדפי הספר) במקרים מסוימים בשל מצבו הפיסי הקשה של הספר הנדיר, לא מתאפשר צילום הספר. אנו נהיה אסירי תודה אם משתמש יפנה תשומת לב הספרן לכל חומר ניזוק, כדי שנוכל לדאוג לתיקונו.אוסף הספרים הנדירים
מפעל הדיגיטציה של הספרים הנדירים בספרייה
קטעים מגניזת קהיר המופיעים בספרייה
לפי רישומי עיפרון בשפה הרוסית, המצויים על תשעה מבין הקטעים הנמצאים בספרייה שלנו, משערים שהקטעים הגיעו מרוסיה, או שהיו בעיון של חוקר או ספרן ממוצא רוסי.
הקטעים משתייכים לתחומים הבאים: מקרא, הפטרות, תרגום אונקלוס, משנה, ליקוטים מתלמוד בבלי, תפילה, הגדה של פסח, פיוט, דרשות בערבית-יהודית, מילונים.בספרייה החל תהליך שימור הקטעים. במסגרתו נשלחו מספר סיבים לבדיקה במעבדה לשימור כתבי יד באוניברסיטת הסורבון שבפריס.מדיניות השימוש באוסף הספרים הנדירים
צילום חומר נדיר
בסרטון ראיון עם מיכאל מגן, המעבדה לשימור נייר במוזיאון ישראל. מיכאל משמר גם ספרים נדירים של הספרייה.שאלות נפוצות אוסף הנדירים